琵琶湖の始まりは、現在の三重県伊賀市あたりに、約400万年前にできた大山田湖であるとされています（C）。しかし最近の研究で、大山田湖は、伊勢湾周辺にあった東海湖とひとつながりの水系だったようで、湖としても一体であった可能性が指摘されています。

東海湖がどのような湖だったのかはよくわかっていませんが、大山田湖よりは古くからあったようですので、少なくとも400万年前よりは古い時代までさかのぼるようです（D）。

その後、古琵琶湖は消長をくり返しながら北上し、約180万年前には現在の琵琶湖の南部付近に湖があったようです（B）。そして約43万年前に急速に北に広がって、現在の北湖ができました（A）。この当時の北湖は現在よりも細長く、現在の琵琶湖の形とは大きく違っていたようです。

このように視点を変えると、琵琶湖がいつできたかの答えも変わってきます。これからの研究の進展によっては、さらに違う答えが見えてくるかもしれません。

琵琶湖の形が楽器の琵琶に似ているという記述は、比叡山延暦寺の僧侶・光宗（こうしゅうまたは こうそう、1274-1347）が1311年から1347年の間に編述したとされる仏教書、『渓嵐拾葉集』（けいらんしゅうようしゅう）が初出です。そこでは竹生島は「覆手」、瀬田の辺りは「鹿頸」など、湖に浮かぶ島々や湖の幅が狭い場所、大阪湾に至る瀬田川（淀川）の流れが、琵琶の各部分に見立てて説明されています*。

光宗のいた比叡山からは琵琶湖の一部が眺められますが、全体は見渡せません。しかし、「湖は北東―南西方向に長い」「南西側よりも北東側のほうが広大である」「南端は瀬田川となって大阪湾へと流れ出ている」といった地理的知識は経験的に得ていたでしょう。そこで、竹生島にあって仏を守る神・弁財天の持ちものが琵琶であることと結び付けて、この延暦寺の僧侶は湖を琵琶の形だと想像したと考えられます。

延暦寺は、現代に例えると総合大学のような大組織で、光宗はそのなかの記録係のお坊さんでした。ここで重要なのは、宗教的な記録はもちろん、土木、医療、算術、軍事などさまざまな分野の記録がひたすら書き続けられたことです。光宗は、宗教にも科学技術にも詳しい人物だったのです。そして、当時の琵琶湖の絵図は残されてはいませんが、各寺社に残る荘園絵図の技術からすれば、琵琶湖の概略を記録することは難しいことではなかったと考えます。琵琶を奏でる竹生島の弁財天の信仰と湖の形とが結び付いた背景には、こうした光宗の知識があったと思います。

なお、約200年後、京都五山の僧侶・景徐周麟（けいじょしゅうりん、1440-1516）の編んだ漢詩集『翰林葫蘆集』（かんりんころしゅう）に「琵琶湖」という固有名詞が初めて登場します。

滋賀県では「滋賀県琵琶湖の富栄養化の防止に関する条例」（通称：琵琶湖条例）が1980年に施行され、さまざまな富栄養化対策が進められてきました。藻類の増殖を促進する窒素やリンなどの栄養塩が、琵琶湖に過度に流れ込むのを防ぐ対策です。そして琵琶湖南湖では、リン濃度は1990年代から、窒素濃度も2000年代から明らかに下がってきています。これは滋賀県で行われてきた様々な水質対策の成果と言って良いでしょう。

アオコは、水面に浮上することができるシアノバクテリアが大発生し、水面付近に集まって緑色の粉を浮かべたような、あるいはペンキを流したような状態になる現象です。アオコは一般に、富栄養化が進んだ湖でよく発生します。アオコが発生すると夜間に水中の酸素を消費して酸素欠乏を引き起こすことがあります。また、アオコをつくるシアノバクテリアにはかび臭など悪臭の原因になるものが多く、肝臓毒や神経毒をもつ種もあります。

1980年頃まで、琵琶湖でアオコは観測されませんでした。初めて観測されたのは1983年、南湖の広い範囲で発生するようになったのは1987年以降です。そしてリン濃度が下がり始めた1990年代から、年々の変動は大きいながらもかえって発生がふえる傾向があります。さらに2023年、琵琶湖のアオコ発生日数は過去最多の63日を記録しました。

このように富栄養化が抑制されたにもかかわらず、かえってアオコ発生が激化している原因について、次のことが考えられます。
1） 外来種を含む新たなシアノバクテリアが次々と琵琶湖に侵入し、その時々の環境に適応した種がふえている。
2） 浮上沈降性をもつシアノバクテリアは底泥にたまった「リンの遺産」を有効に利用できるので、他の藻類との競争上有利になる。
しかし実際のところ、原因はよくわかりません。これからの研究課題です。

Aの刈りとりは、枯れたヨシに含まれる窒素やリンを湖の外に持ち出す効果があります。特に枯れたヨシを放置すると湖に流出して分解されるような場合には、水質改善の効果があると言えます。ただしヨシの茎や葉に含まれる窒素やリンのほとんどは地下の根から吸い上げたもので、水中の窒素やリンを直接吸収するわけではありません。またヨシは秋になると、地上部に含まれる窒素やリンの大部分を地下茎に戻すので、冬の枯れたヨシには窒素もリンもわずかしか含まれません。さらに刈ったヨシの断面が水没すると、枯れた茎を通して地下茎に酸素が送られなくなり、ヨシの生育に悪影響を及ぼします。

Bの波あたりを減らす方法は、琵琶湖のヨシ群落再生に大きな効果がありました。しかし施工方法や環境条件によっては、水の交換が悪くなって内部が富栄養化し、水質浄化機能を十分に果たせなくなることや、ヨシ以外の植物が繁茂することもありました。

Cについては、オオバナミズキンバイやホテイアオイなどの外来水草がヨシ群落の前面で繁茂して、ヨシの生育をさまたげるだけでなく、魚類などの生育環境を悪化させることがあります。こうした外来水草も、水中から窒素やリンなどの栄養塩を吸収する働きをしています。しかし一方で水面をおおって光と酸素をさえぎるので、水中が暗い貧酸素の世界になり、ヨシの茎の上などに生息する生物による水質浄化作用をさまたげます。少なくともこうした外来水草は除去して、そこに含まれる窒素やリンを湖の外に持ち出し、ヨシ群落本来の水質浄化システムが働くようにした方がよいでしょう。

このように考えると、自然にヨシ帯が発達する場所で外来水草などの問題がなければ、少なくとも水ヨシの部分については、Dの「何もしない」ことでヨシ群落の水質浄化機能が最大限発揮されることもありえます。状況に応じた「順応的管理」が必要です。